$ cat matrx.awk 
BEGIN{FS=",";T="null";I=-1}
FNR == NR {
	if ( $2 !~ /\// ) {
		P[$3]=$2
		Q[$2]=$3
	}
	else {
		C[$3]=$2
	}
	next
}
{
	if ( P[$1] ) {
		V[P[$1]$1$2]=$3
	}
	else {
		split(C[$1],A,"/")
		T == "null" ? T=C[$1] : 0 
		if ( V[P[Q[A[1]]]Q[A[1]]$2] != V[P[Q[A[2]]]Q[A[2]]$2] ) {
			if ( C[$1] == T ) {
				I++
			}
			else {
				J=0
				print T":"
				while (J <= I){
					split(E[J],li,":")
					L[li[1]li[2]]=li[3]
					if(V1[li[1]]!=1){
						V1[li[1]]=1
						V2[G++]=li[1]
					}
					if(M[li[2]]!=1){
						M[li[2]]=1
						B[D++]=li[2]
					}
					J++
				}
				for(Y=0;Y<D;Y++){
					K=K"\t"B[Y]
				}
				print K
				for(Z=0;Z<G;Z++){
					K=V2[Z]
					for(Y=0;Y<D;Y++){
						if(L[V2[Z]B[Y]]) {
							K=K"\t"L[V2[Z]B[Y]]
						}
						else{
							K=K"\t-"
						}
					}
					print K
				}
				I=0
				T=C[$1]
				K=""
				split("",L)
				split("",B)
				split("",V2)
				split("",V1)
				split("",M)
				G=D=0
			}
			V[P[Q[A[1]]]Q[A[1]]$2] == $3 ? X="a" : V[P[Q[A[2]]]Q[A[2]]$2] == $3 ? X="b" : X="m"
			E[I]=$2":"$1":"X
		}
	}
}
END{
	print T":"
	J=0
	while (J <= I){
		split(E[J],li,":")
		L[li[1]li[2]]=li[3]
		if(V1[li[1]]!=1){
			V1[li[1]]=1
			V2[G++]=li[1]
		}
		if(M[li[2]]!=1){
			M[li[2]]=1
			B[D++]=li[2]
		}
		J++
	}
	for(Y=0;Y<D;Y++){
		K=K"\t"B[Y]
	}
	print K
	for(Z=0;Z<G;Z++){
		K=V2[Z]
		for(Y=0;Y<D;Y++){
			if(L[V2[Z]B[Y]]) {
				K=K"\t"L[V2[Z]B[Y]]
			}
			else{
				K=K"\t-"
			}
		}
		print K
	}
}

$ awk -F,  'FNR == NR && !/\// {T[$3]=1;next};T[$1] {print}' file1 file2 | awk -f matrx.awk file1 - file2
p1/p2:
	s3	s4	s5	s6
v1	m	b	a	a
v2	-	m	a	b
p1/p3:
	s7	s8	s9	s10
v2	b	a	m	m
v3	m	m	b	a
v4	m	m	a	m
p2/p3:
	s11	s12	s13	s14
v1	b	a	b	m
v3	b	b	a	m
v4	a	m	m	b