Shell Programming and Scripting

#!/usr/bin/perl -w

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# What this script does:                                                       #
# This script can be used to compare data overlap                              #
#                                                                              #
# How this script works:                                                       #
# It parses two external files and identifies which line entries fall within   #
# the match statement.                                                         #
#                                                                              #
# Where this script is run (and by whom):                                      #
# This script should be run from a host where the files can be accessed for    #
# comparison                                                                   #
#                                                                              #
# Revision history:                                                            #
# September 15, 2008                                                           #
#    AKG - File creation                                                       #
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# Define Pragma                                                                #
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use strict;
use Getopt::Std;
use vars qw/ %opt /;
use Time::HiRes qw(gettimeofday);

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# Define Variables                                                             #
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#my $dir        = "/usr/local/overlap"; # base directory
my $dir        = "/opt/home/agray/scripting/overlap"; # base directory
my $DEBUG;
my @tm;
my $logfile;
my $timeStamp;
my @fileA;
my @fileB;

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# Define Prerequisites  (Require / Include statements go here)                 #
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# Forward declaration of subroutines                                           #
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sub do_init();              # This manages the command line options
sub do_usage();             # This is the usage message for do_init()

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# MAIN                                                                         #
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# Parse command line variables                                                 #
do_init();

# set DEBUG flag according to command line options                             #
if ( $opt{d} )
{
   $DEBUG = 1;
}
else
{
   $DEBUG = 0;
}

# Next, create a timestamp and logfile to store information                    #
# getTimestamp
@tm = (localtime($^T))[0..5];
++$tm[4];
$tm[5] += 1900;
$timeStamp = sprintf("%04d%02d%02d.%02d%02d%02d", reverse @tm);
$logfile = "$dir/log/$0.$timeStamp.log";

open LOG, ">> $logfile" or die "Can't open $logfile for write: $!";
print LOG "$timeStamp: running $0\n";


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# Open files into array                                                        #
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open(FILEA, "<$opt{a}") or die "Cannot open $opt{a} for read :$!";
@fileA = <FILEA>;
close( FILEA );

open(FILEB, "<$opt{b}") or die "Cannot open $opt{b} for read :$!";
@fileB = <FILEB>;
close( FILEB );

my @lineFileArray;
my @tempStart;
my @temEnd;
my $count;
my @neLineArray;
my $start;
my $end;

while (@fileA)  #open the file
{
   chomp;
   @lineFile1Array = split (/\t/,@_);   #split the line into temporary array elements
   @tempStart = split (/,/,$lineArray[5]);
   @tempEnd = split (/,/,$lineArray[6]);
   while ($count >= $lineArray[4])
   {
      #create a new array composed of $lineArray[5]:$lineArray[6]
      # I didn't put this code in, as the syntax escapes me this early in the morning...
   }
   while (@newLineArray)
   {
      $start,$end = split (/:/, $_)
      while $line(@fileB)
      {
         @lineFile2Array = split (/\t/,$line);
          if (($lineFile2Array[1] >= $start) && $lineFile2Array[2] <= $end)
         {
            #Match found = write to yourfile
         }
      # If no match found (or when done evaluating that element), move on to the next element of the line
      }
   # If no match found, (or when done evaluating that line) move on to the next line in file2
   }
# If no match found, move on to the next line in file2
}

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# Subroutines                                                                  #
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sub do_init()
{
   my $opt_string = 'hda:b:';
   getopts( "$opt_string", \%opt ) or do_usage();
   do_usage() if $opt{h};
   do_usage() unless ($opt{a} && $opt{b});
}


sub do_usage()
{
   print "\nusage: $0 [-h] [-d] [-a file1] [-b file2]\n\n";
   #############################################################################
   print "\n\n";
   exit;
}

while (@array)
{
   something $_;
}

while $element(@array)
{
   something $element;
}

while (@fileA)  #open the file
{
   chomp;
   @lineFile1Array = split (/\t/,@_);   #split the line into temporary array elements
   @tempStart = split (/,/,$lineArray[5]);
   @tempEnd = split (/,/,$lineArray[6]);
   while ($count >= $lineArray[4])
   {
      #create a new array composed of $lineArray[5]:$lineArray[6]
      # I didn't put this code in, as the syntax escapes me this early in the morning...
      $count++;
   }
   while (@newLineArray)
   {
      $start,$end = split (/:/, $_)
      while $line(@fileB)
      {
         @lineFile2Array = split (/\t/,$line);
          if (($lineFile2Array[1] >= $start) && $lineFile2Array[2] <= $end)
         {
            #Match found = write to yourfile
         }
      # If no match found (or when done evaluating that element), move on to the next element of the line
      }
   # If no match found, (or when done evaluating that line) move on to the next line in file2
   }
# If no match found, move on to the next line in file2
}

      $start,$end = split (/:/, $_)