Shell Programming and Scripting

suppose i have one file
file A
18
24
30
35
38
45
55

Another file file B
08_46 A 16 V -0.36 0.23 E : 1.41
08_46 A 17 D -1.04 0.22 E : 0.84
08_46 A 18 Q -0.49 0.12 E : 0.06
08_46 A 19 G 0.50 0.14 E : 0.05
08_46 A 20 V 0.10 0.22 E : 1.26
08_46 A 21 L 0.23 0.22 E : 1.14
08_46 A 22 N -0.86 0.15 E : 0.26
08_46 A 23 N 0.25 0.10 E : 0.18
08_46 A 24 G -0.83 0.20 E : 1.17
08_46 A 25 C 0.39 0.10 E : 0.01
08_46 A 26 F 0.11 0.24 E : 0.54
08_46 A 27 V 0.13 0.15 E : 0.15
08_46 A 28 D 0.23 0.15 B : 0.14
08_46 A 29 A 0.84 0.09 B : 0.54
08_46 A 30 L 0.17 0.16 E : 0.07
08_46 A 31 N 0.36 0.16 E : 0.31
08_46 A 32 V -0.60 0.15 B : 0.08
08_46 A 33 V 0.95 0.07 B : 0.82
08_46 A 34 P 0.59 0.12 E : 0.12
08_46 A 35 H 0.26 0.17 E : 0.15
08_46 A 36 V 0.96 0.09 B : 0.55
08_46 A 37 F 1.01 0.20 E : 0.40
08_46 A 38 L -0.20 0.18 E : 0.50
08_46 A 39 L -0.07 0.18 E : 0.07
08_46 A 40 F 1.05 0.10 B : 0.42
08_46 A 41 I 0.02 0.20 E : 0.37
08_46 A 42 T 0.23 0.16 E : 0.44
08_46 A 43 F 0.12 0.08 B : 0.41
08_46 A 44 P 0.20 0.10 B : 0.56
08_46 A 45 I 0.04 0.23 E : 1.17
08_46 A 46 L -0.21 0.17 E : 0.05
08_46 A 47 F 0.28 0.11 B : 0.30
08_46 A 48 I 0.49 0.23 E : 0.43
08_46 A 49 G 0.15 0.12 B : 0.12
08_46 A 50 W 0.40 0.17 E : 0.09
08_46 A 51 G 0.27 0.14 B : 0.09
08_46 A 52 S 0.17 0.02 B : 1.07
08_46 A 53 Q 0.27 0.08 B : 0.37
08_46 A 54 S 0.01 0.03 B : 0.76
08_46 A 55 S 0.04 0.11 B : 0.45


so we have file B where third column are in common with file A
so the output shud be like
08_46 A 18 Q -0.49 0.12 E : 0.06
08_46 A 30 L 0.17 0.16 E : 0.07
08_46 A 35 H 0.26 0.17 E : 0.15
08_46 A 38 L -0.20 0.18 E : 0.50
08_46 A 45 I 0.04 0.23 E : 1.17
08_46 A 55 S 0.04 0.11 B : 0.45

You missed the line with $3==24.

Code:

awk 'NR==FNR{x[$1];next}$3 in x' fileA fileB

Use nawk or /usr/xpg4/bin/awk on Solaris.

Thanks yaar

Try this!!!!!!!!!!!!!!!!

#!/usr/bin/ksh

cat file2 | while read main
do
third=`echo $main | cut -d' ' -f3`
cat file1 | while read inner
do
if [[ "$inner" = "$third" ]]
then
echo "$main"
fi
done
done

U can use join:

Code:

> join -j1 1 -j2 3 fA fB      
18 08_46 A Q -0.49 0.12 E : 0.06
24 08_46 A G -0.83 0.20 E : 1.17
30 08_46 A L 0.17 0.16 E : 0.07
35 08_46 A H 0.26 0.17 E : 0.15
38 08_46 A L -0.20 0.18 E : 0.50
45 08_46 A I 0.04 0.23 E : 1.17
55 08_46 A S 0.04 0.11 B : 0.45

Regards

The a b is the two files:

Code:

awk '{
if (NF==1)
a[$0]=$0
else
for ( j in a)
if ($3==j)
print
}
' a b