Code:
$ cat file
1,2,3,4,5,6
1,2,3,4,5,6
1,2,3,4,5,6
1,2,3,4,5,6
$ awk -F, '{NF=41}1' OFS="," file
1,2,3,4,5,6,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
1,2,3,4,5,6,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
1,2,3,4,5,6,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
1,2,3,4,5,6,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,