Olá: Eu tenho outra pergunta. Considere os seguintes dois amostra, delimitado por tabulações arquivos:

File_1:

Abf1 YKL112w
Abf1 YAL054c
Abf1 YGL234w
Ace2 YKL150w
Ace2 YNL328c
Cup9 YDR441c
Cup9 YDR442w
Cup9 YEL040w
...


Arquivo 2:

...
ABF1 YKL112W
ACE2 YLR131C
CUP9 YPL177C
...

File_2 é uma "tabela"; quero substituir $ 1 em File_1 na correspondência $ 2 no campo File_2 e adicionalmente, acrescentando uma coluna central que contém a string "tf", e uma coluna de "outros" ( "1" na primeira coluna posição), todos delimitado por tabulações.

Além disso, seria ideal se o caso poderia ser ignorada para a busca / substituição, mas que a saída é tudo alfabética maiúscula [az] convertido para [AZ].

Atenciosamente, estes genes são levedura, além de números e letras, alguns dos genes vai conter traços (por exemplo, YBR162W-A), mas nenhum deles irá conter vírgulas, semicolons, espaços, etc

Saída File_3:

1 YKL112W tf YKL112W
1 YKL112W tf YAL054C
1 YKL112W tf YGL234W
1 YLR131C tf YKL150W
1 YLR131C tf YNL328C
1 YLR131C tf YLR439W
1 YPL177C tf YDR441C
1 YPL177C tf YDR442W
1 YPL177C tf YEL040W
...

Isto está relacionado com (mas diferente da) minha pergunta anterior,

Biólogo molecular exige ajudar re: search / replace script

Aqui, a primeira coluna é um "dummy" peso valor, para manter a "compatibilidade campo", com o meu anterior arquivo, como mostrado neste exemplo:

1 a gi b
Pp 1 a uma
1 pp uma c
1 t gi u
1 t gi w
1 t gi x
1 t pp z
2 pp um d
2 pp e um
2 t gi v
2 t gi z
3-A, pp b
3 t y gi
...

Afinal, eu vou acabar com um processo como este, com US $ 1 \u003d peso, gene1 \u003d $ 2, $ 3 \u003d associação, $ 4 \u003d gene2:


1 YKL112W tf YKL112W
1 YKL112W tf YAL054C
1 YKL112W tf YGL234W
1 YLR131C tf YKL150W
1 YLR131C tf YNL328C
1 YLR131C tf YLR439W
1 YPL177C tf YDR441C
1 YPL177C tf YDR442W
1 YPL177C tf YEL040W
...
1 YBL012C gi YCL045C
1 YBL012C pp YBL012C
5 YBL012C pp YHR039C-A
1-A YLR363W gi YNL143C
4-A YLR363W gi YPR123C
1-A YLR363W gi YLR467W
1-A YLR363W pp YNR073C
2 YBL012C pp YGL232W
2 YBL012C pp YOR102W
2-A YLR363W gi YFL066C
2-A YLR363W gi YNR073C
3 YBL012C pp YCL045C
3-A YLR363W gi YKL100C
...

Obrigado - Mais uma vez, muito * * muito apreciada!

Atenciosamente, Greg S. :-)

Isto deve dar a saída desejada:

 awk '
FNR==NR{a[tolower($1)]=$2;next} 
tolower($1) in a{print "1 " a[tolower($1)] " tf " toupper($2)}
' "File_2" "File_1"

Isto é absolutamente maravilhoso! ... :-)

Aqui é o meu entendimento de Franklin52 do código:

Unix Manuals - Awk Referência

# \u003d\u003d É "é igual"

tolower (string): Retorna a string com todas as maiúsculas substituídas com suas minúsculas equivalentes.

toupper (string): Retorna a string com todas as minúsculas em maiúsculas substituídas com seus equivalentes.

FNR: número recorde no arquivo de entrada.

NR: Número de registros processados.

Assim, o script acima traduz (? - Corrija-me se estou enganado), como

awk '
FNR \u003d\u003d NR (um [tolower ($ 1)] \u003d $ 2; próxima)

enquanto o número do registro (linha) é igual ao número total de registros (é verdade), não todas as seguintes características:
Get $ 1 (o nome comum gene - convertido em minúsculas - necessária uma vez que o campo correspondente na File_1 é minúscula, caso contrário, ele irá falhar o "jogo" - Linux é sensível a maiúsculas e minúsculas) na pesquisa do arquivo (File_2), set (alterá-lo ) para a (já maiúsculo) sistemática gene nome ($ 2) na mesma tabela, então ler o próximo registro número (linha);

tolower ($ 1) em uma (print "1" uma [tolower ($ 1)] "tf" toupper ($ 2))

agora, para cada US $ 1 em File_2 (actualmente fixado em maiúsculas $ 2, a partir da tabela), na segunda imagem (File_1, a ser convertido para um), imprimir
"1", $ 2 a partir de File_2; "tf", $ 2 a partir de File_1 (retornados como maiúsculas, para converter a rasteira minúsculas c, w,-um, etc)

' "File_2" "File_1"

File_1 \u003d arquivo a ser processado (convertido)
File_2 \u003d "lookup file" ( "common_to_systematic.tab)

?!


Isto funciona brilhantemente! Muito obrigado, Franklin52!

Tenha uma super semana! ... Greg :-)

É possível modificar o script acima para renomear arquivos com base em uma tabela?

por exemplo:
Atual Novo
A87324.jpg A1372365.jpg
A89732.jpg A98274.jpg
A130347.jpg A73689.jpg
...

Obrigado,

Rick

Estou a tentar modificar o código acima para uma situação semelhante. Tenho dois ficheiros de entrada. O primeiro arquivo (Datastores) é um CSV com amigável nomes na primeira coluna e UUIDs na segunda coluna. O segundo arquivo (VMS) é uma lista de arquivos com o caminho completo utilizando o UUID. Por exemplo:

----- ----- Datastores.csv
nome amigável 1, UUID1
nome amigável 2, UUID2
nome amigável 3, UUID3
etc
----- ----- Datastores.csv

----- ----- VMs.txt
/ folder/UUID3/vm1.vmx
/ folder/UUID2/vm2.vmx
/ folder/UUID1/vm3.vmx
/ folder/UUID3/vm4.vmx
etc
----- ----- VMs.txt

O que eu estou procurando é a produção que tem o seguinte aspecto:

----- ----- Output.txt
/ pasta / nome amigável 3/vm1.vmx
/ pasta / nome amigável 2/vm2.vmx
/ pasta / nome amigável 1/vm3.vmx
/ pasta / nome amigável 3/vm4.vmx
etc
----- ----- Output.txt

A amostra awk não é intuitivo para mim, mesmo após a leitura de outra explicação e indo ao longo dos O'Rielly bolso referência. O caso de uma das entradas, não necessita de ser alterada - se houver um problema com o processo correspondente, então eu tenho outras questões a tratar.

Obrigado pela vossa ajuda antecipadamente.

#!/bin/ksh

while read current new x
do
   mv "${current}" "${new}"
done < /path/to/lookupFile

oi gente!

Estou de novo a shell script .. Eu queria saber abt sed comando e como ele funciona?

aqui está o que eu quero fazer, quero pesquisa string original export.txt no arquivo que é:
exportação mibs \u003d \ opt \ mymibs \

Gostaria de substituí-lo por
exportação mibs \u003d \ opt \ new_mibs \

Por favor ajudem com isso

thanks in advance