Tenho de comparar dois arquivos de texto, muito poucas das linhas nestes ficheiros terão algumas diferenças em alguns coluna.
O tamanho é em arquivos GB.
Exemplo são as linhas abaixo:
11111122222222333333aaaaaaaaaabbbbbbbbbccccccccdddddd
11111122222222333333aaaaaaaaaabbbbbbbbbccccccccddeddd

Então, assumindo estas duas linhas são de ficheiro1 e ficheiro2 respectivamente, gostaria de obter a segunda linha em um arquivo novo arquivo de saída que é a diferença arquivo.

O que eu gostaria de fazer é ler linha1 de ficheiro1 e loop através de todas as linhas em ficheiro2 e parar quando uma correspondência for encontrada, então imprimi-lo nessa linha de arquivo de saída. E repita os mesmos passos para todas as linhas de ficheiro1.

Agradeço qualquer ajuda nesse sentido.