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Old 2008年4月10日
gstuart gstuart is offline
登録ユーザー
  
 

参加日: 2008年4月
投稿: 16
検索し、ファイル1 (ルックアップテーブル)ファイル2からの文字列で文字列を置き換えるか?

こんにちは:私は別の質問があります。ご検討の2つのサンプルは、タブ区切りのファイルを以下の通りです:

File_1 :

Abf1 YKL112w
Abf1 YAL054c
Abf1 YGL234w
Ace2 YKL150w
Ace2 YNL328c
Cup9 YDR441c
Cup9 YDR442w
Cup9 YEL040w
...


2ファイル:

...
ABF1 YKL112W
ACE2 YLR131C
CUP9 YPL177C
...

File_2の"ルックアップテーブルです。 " File_1でFile_2に一致するフィールドが2ドルで1ドルの代わりに、また、最初の列の中央の列"フランス領極南諸島"という文字列を含む、 "もの" ( " 1 "の列を追加する位置)は、すべてのタブ区切り。

また、ケースの場合は、検索では無視できる理想的なんだろう/置換、それは、アルファベット順の出力をすべて大文字[ AZ順する]に変換する[ AZ順] 。

参考は、これらの酵母の遺伝子をされています。数字と文字と、一部の遺伝子(例えば、 YBR162W - a )のダッシュが含まれる予定に加えて、完璧なものはありませんカンマ、セミコロンが含まれて、スペースなど

出力File_3 :

1 YKL112Wフランス領極南諸島YKL112W
1 YKL112Wフランス領極南諸島YAL054C
1 YKL112Wフランス領極南諸島YGL234W
1 YLR131Cフランス領極南諸島YKL150W
1 YLR131Cフランス領極南諸島YNL328C
1 YLR131Cフランス領極南諸島YLR439W
1 YPL177Cフランス領極南諸島YDR441C
1 YPL177Cフランス領極南諸島YDR442W
1 YPL177Cフランス領極南諸島YEL040W
...

これは(しかし)私の以前のクエリは、別に関連している

分子生物学者の助けを必要と再:検索/スクリプトを置き換える

ここでは、最初の列はこの例のように、以前の私のファイルに"フィールドの互換性"を維持するためには、 "ダミー"の重量値です:

1は、胃腸b
1は、 PPの一
1は、 PPのç
1胃腸ūトン
1トン胃腸ワット
消化管のX一トン
1トンPPのŽ
2は、 PPのエ
2は、 PPのメール
胃腸五二トン
2トン胃腸Ž
3は、 PPのb
3トン胃腸イ
...

結局、私はこのようなファイルを、 $ 1 \u003d重量、 $ 2 \u003d gene1 、 $ 3 \u003d協会、 $ 4 \u003d gene2を終了します:


1 YKL112Wフランス領極南諸島YKL112W
1 YKL112Wフランス領極南諸島YAL054C
1 YKL112Wフランス領極南諸島YGL234W
1 YLR131Cフランス領極南諸島YKL150W
1 YLR131Cフランス領極南諸島YNL328C
1 YLR131Cフランス領極南諸島YLR439W
1 YPL177Cフランス領極南諸島YDR441C
1 YPL177Cフランス領極南諸島YDR442W
1 YPL177Cフランス領極南諸島YEL040W
...
1 YBL012C胃腸YCL045C
1 YBL012C PPのYBL012C
5 YBL012C PPのYHR039C -
1 YLR363W - YNL143C儀
4 YLR363W - YPR123C儀
1 YLR363W - YLR467W儀
1 YLR363W - PPのYNR073C
2 YBL012C PPのYGL232W
2 YBL012C PPのYOR102W
2 YLR363W - YFL066C儀
2 YLR363W - YNR073C儀
3 YBL012C PPのYCL045C
3 YLR363W - YKL100C儀
...

-もう1度、ありがとう* *は非常に感謝!

よろしくお願い申し上げます、グレッグsを:-)
 

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