awkは、これを削除するsedで解決されてですか？

mskcc · ＃1 （**固定リンク**） 2005年11月7日

こんにちはマスターズ、

コード：

___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #1. Best score 3010 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:3010   human:2754
YHR165C             	100.00%		PRP8_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #2. Best score 2100 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:2033   human:1978
YLR106C             	100.00%		MDN1_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #3. Best score 2082 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:997   human:593
YJL130C             	100.00%		PYR1_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #4. Best score 1959 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1959   human:1007
YKR054C             	100.00%		DYHC_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #5. Best score 1855 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1855   human:1022
YNR016C             	100.00%		Q6KE87_HUMAN        	100.00%
YMR207C             	19.86%		COA2_HUMAN          	90.52%
                    	       		COA1_HUMAN          	53.30%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #6. Best score 1838 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1748   human:1767
YDL140C             	100.00%		RPB1_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #7. Best score 1768 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1768   human:1636
YJR066W             	100.00%		Q4LE76_HUMAN        	100.00%
YKL203C             	49.22%

上記のレコードがファイルの一部です。私には何が必要か、このファイルから情報を抽出するとspeadsheet形式に入れ、このようなものです：＃ 5 、＃ 7の上から（例）

Group_number ; Best_Score ; S_one ; P_one ; S_two ; P_two
5 ; 1855 ; YNR016C ; 100.00 ％ ; Q6KE87_HUMAN ; 100.00 ％
5 ; 1855 ; YMR207C ; 19.86 ％ ; COA2_HUMAN ; 90.52パーセント
5 ; 1855 ; ; ; COA1_HUMAN ; 53.30パーセント
7 ; 1768 ; YJR066W ; 100.00 ％ ; Q4LE76_HUMAN ; 100.00 ％
7 ; 1768 ; YKL203C ; 49 ％ ; ;

事前に感謝します！

Abhishekゴース · ＃2 （**固定リンク**） 2005年11月8日

の例を見て：
5の場合、最後の行" 5として表示されます; 1855 ; ; ; COA1_HUMAN ; 53.30 ％ "
7の最後の行shouldn't " 7として表示される; 1768 ; ; ; YKL203C ; 49 ％ "の代わりに" 7 ; 1768 ; YKL203C ; 49 ％ ; ; " ？

mskcc · ＃3 （**固定リンク**） 2005年11月8日

いいえ、元のファイルは、

＃ 5の空の空のレコードを記録
レコードレコード＃ 7を空に空にします。

ときに、空のスペースを見逃していた記録を掲載した。しかし、それは空いている領域として抽出する必要があります。ありがとうございます。

Perderabo · ＃4 （**固定リンク**） 2005年11月9日

ためのフィールドの構文と位置の両方で定義されているよりも見えるこの難しい。ここではkshスクリプトですが、サンプルデータで動作します。しかし、あなたの実際のデータには驚きを破る可能性がある。

コード：

#! /usr/bin/ksh

IFS=""
while read line ; do
    line=${line##+(_)}
    ((${#line})) ||  continue
    if [[ "$line" != "Group of orthologs"* ]] ; then
        echo error looking for start of record 1>&2
        echo $line  1>&2
        exit 1
    fi
    line=${line#"Group of orthologs #"}
    Group_number=${line%%\.*}
    line=${line#*"Best score "}
    Best_Score=${line%" "*}
    read line
    if [[ $line != "Score difference with "* ]] ; then
        echo "error stepping over 2nd line of group $Group_number" 1>&2
        echo $line  1>&2
        exit 1
    fi
    ProteinLines=1
    while ((ProteinLines)) ; do
        if read line ; then
            line=${line##+(_)}
            if ((!${#line})) ; then
                ProteinLines=0
            else
                eval set $line
                firstchar="${line%${line#?}}"
                if [[ $# -eq 4 ]] ; then
                    S_one=$1
                    P_one=$2
                    S_two=$3
                    P_two=$4
                else
                    if [[ $firstchar = [a-zA-Z0-9] ]] ; then
                        S_one=$1
                        P_one=$2
                        S_two=""
                        P_two=""
                    else
                        S_one=""
                        P_one=""
                        S_two=$1
                        P_two=$2
                    fi
                fi
                echo "${Group_number};${Best_Score};${S_one};${P_one};${S_two};${P_two};"
            fi
        else
            ProteinLines=0
        fi
    done
done
exit 0

コード：

$
$ ./pro < data
1;3010;YHR165C;100.00%;PRP8_HUMAN;100.00%;
2;2100;YLR106C;100.00%;MDN1_HUMAN;100.00%;
3;2082;YJL130C;100.00%;PYR1_HUMAN;100.00%;
4;1959;YKR054C;100.00%;DYHC_HUMAN;100.00%;
5;1855;YNR016C;100.00%;Q6KE87_HUMAN;100.00%;
5;1855;YMR207C;19.86%;COA2_HUMAN;90.52%;
5;1855;;;COA1_HUMAN;53.30%;
6;1838;YDL140C;100.00%;RPB1_HUMAN;100.00%;
7;1768;YJR066W;100.00%;Q4LE76_HUMAN;100.00%;
7;1768;YKL203C;49.22%;;;
$

Abhishekゴース · ＃5 （**固定リンク**） 2005年11月9日

コマンド行でHeres のPERL：

$ perlのチョップ'北東;分割;
>もし（ $ _ [ 0 ]式"グループ" ）
> （ $グループ\u003d substr （ $ _ [ 3 ] 、 1 、長さ（ $ _ [ 3 ] ） -2 ） ; $スコア\u003d $ _ [ 6 ] ; ）
>他の（
>もし（ $ _ ！〜 / ^ \秒*$/&&$_[ 0 ]北東"スコア" ）
> （場合(@_\u003d\u003d 2 ）（ (@_,"","");}プッシュ
>もし(@_\u003d\u003d 3 ）（シフトキーを戻す(@_,"");}
> $の文字列に加わる\u003d (";",@_);
>印刷（ " \グループ$ Ñ ; $スコア; $ ");}}'ファイル名の文字列

聖母被昇天祭（秒）：
あなたのレコードが最大で唯一の4つの要素を持つことができます。
つまり、
記録/空白の記録/空白の記録/空白の記録/空白
もし、これらのタブを区切られているかどうか教えてもらえます、私は、より堅牢なコードを使用することができます。

Abhishekゴース · ＃6 （**固定リンク**） 2005年11月9日

Perderaboと言うと、データには実際に驚きそれを解消できるかもしれません！
（ Perderabos 'のコードを生成する半末尾はおそらく必要のないコロン）注

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