Ciao: Ho un'altra domanda. Vi preghiamo di considerare i seguenti due campione, file delimitato da tabulazioni:

File_1:

Abf1 YKL112w
Abf1 YAL054c
Abf1 YGL234w
Ace2 YKL150w
Ace2 YNL328c
Cup9 YDR441c
Cup9 YDR442w
Cup9 YEL040w
...


Fascicolo 2:

...
ABF1 YKL112W
ACE2 YLR131C
CUP9 YPL177C
...

File_2 è una "tabella di ricerca"; voglio sostituire $ 1 in File_1 con i corrispondenti $ 2 in campo File_2, inoltre l'aggiunta di una colonna centrale contenente la stringa "TF", e una colonna di "quelli" ( "1" nella prima colonna posizione), tutti i delimitato da tabulazioni.

Inoltre, sarebbe l'ideale se il caso può essere ignorato per la ricerca / sostituzione, ma che la produzione è in ordine alfabetico tutte le lettere maiuscole [AZ] convertiti [AZ].

Cordiali saluti, questi geni sono lievito; oltre a numeri e lettere, alcuni dei geni che contengono trattini (ad esempio, YBR162W-A), ma non contiene una virgola, virgole, spazi, ecc

Uscita File_3:

1 YKL112W tf YKL112W
1 YKL112W tf YAL054C
1 YKL112W tf YGL234W
1 YLR131C tf YKL150W
1 YLR131C tf YNL328C
1 YLR131C tf YLR439W
1 YPL177C tf YDR441C
1 YPL177C tf YDR442W
1 YPL177C tf YEL040W
...

Ciò è dovuto a (ma diversa da) mia precedente interrogazione,

Biologo molecolare richiede aiuto Re: ricerca / sostituzione di script

Qui, la prima colonna è un "manichino" peso valore, al fine di mantenere "campo di compatibilità" con il mio precedente file, come mostrato in questo esempio:

1 bis gi b
Pp 1 a uno
1 bis pp c
1 t gi u
1 t w gi
Gi x 1 t
1 pp t z
2 pp uno d
2 bis e pp
2 t gi v
2 t z gi
3 bis pp b
3 t gi y
...

In definitiva, vorrei finire con un file di questo tipo, con $ 1 \u003d peso, gene1 \u003d $ 2, $ 3 \u003d associazione, $ 4 \u003d gene2:


1 YKL112W tf YKL112W
1 YKL112W tf YAL054C
1 YKL112W tf YGL234W
1 YLR131C tf YKL150W
1 YLR131C tf YNL328C
1 YLR131C tf YLR439W
1 YPL177C tf YDR441C
1 YPL177C tf YDR442W
1 YPL177C tf YEL040W
...
1 YBL012C gi YCL045C
1 YBL012C pp YBL012C
5 YBL012C pp YHR039C-A
1-A YLR363W gi YNL143C
4-A YLR363W gi YPR123C
1-A YLR363W gi YLR467W
1-A YLR363W pp YNR073C
2 YBL012C pp YGL232W
2 YBL012C pp YOR102W
2-A YLR363W gi YFL066C
2-A YLR363W gi YNR073C
3 YBL012C pp YCL045C
3-A YLR363W gi YKL100C
...

Grazie - Ancora una volta, * molto * molto apprezzato!

Cordiali saluti, Greg S. :-)

Questo dovrebbe dare un output desiderato:

Saluti

Questo è assolutamente meraviglioso! ... :-)

Qui è la mia comprensione della Franklin52 codice:

Manuali Unix - AWK Riferimento

# \u003d\u003d È "pari"

tolower (stringa): Ritorna la stringa con tutti i caratteri maiuscoli sostituiti con i loro equivalenti minuscole.

toupper (stringa): Ritorna la stringa con tutti i caratteri in minuscolo sostituiti con i loro equivalenti maiuscolo.

FNR: numero record di file di input.

NR: Numero di record trattati.

Pertanto, lo script qui sopra si traduce (? - Si prega di correggere, se mi sono sbagliato) come

awk '
NR FNR \u003d\u003d (a [tolower ($ 1)] \u003d $ 2;) accanto

mentre il numero di record (linea) è uguale al numero totale di record (è vero), non tutte le caratteristiche seguenti:
ottenere $ 1 (il nome del gene comune - convertito in minuscolo - richiesto dal campo corrispondente in File_1 è minuscolo, altrimenti non riuscirà a "partita" - linux è case-sensitive) nella ricerca di file (File_2), set (modifica ) al (già maiuscolo) sistematica gene nome ($ 2) nella stessa tabella di ricerca, quindi di leggere il prossimo numero di record (linea);

tolower ($ 1) (print in un "1" a [tolower ($ 1)] "TF" toupper ($ 2))

adesso, per ogni $ 1 nel File_2 (ora fissato al maiuscolo $ 2, della tabella di ricerca), per il secondo file (File_1, quello di essere convertiti), stampa
"1", $ 2 da File_2; "TF", $ 2 da File_1 (restituito come maiuscolo, per convertire il carattere minuscolo c, w,-a, ecc)

' "File_2" "File_1"

File_1 \u003d file che devono essere trattati (convertito)
File_2 \u003d "ricerca di file" ( "common_to_systematic.tab)

?!


Questo funziona brillantemente! Thank you so much, Franklin52!

Have a super weekend! ... Greg :-)

E 'possibile modificare lo script di cui sopra per rinominare i file sulla base di una tabella di ricerca?

ad esempio:
Nuova Corrente
A87324.jpg A1372365.jpg
A89732.jpg A98274.jpg
A130347.jpg A73689.jpg
...

Grazie,

Rick

Sto cercando di modificare il codice di cui sopra per una situazione analoga. Ho due file di input. Il primo file (Datastores) è un formato CSV con nomi nella prima colonna e UUID nella seconda colonna. Il secondo file (VM) è un elenco di file con il percorso completo utilizzando l'UUID. Ad esempio:

----- ----- Datastores.csv
nome 1, UUID1
nome 2, UUID2
nome 3, UUID3
etc
----- ----- Datastores.csv

----- ----- VMs.txt
/ folder/UUID3/vm1.vmx
/ folder/UUID2/vm2.vmx
/ folder/UUID1/vm3.vmx
/ folder/UUID3/vm4.vmx
etc
----- ----- VMs.txt

Io cerco di output è simile al seguente:

----- ----- Output.txt
/ cartella / nome 3/vm1.vmx
/ cartella / nome 2/vm2.vmx
/ cartella / nome 1/vm3.vmx
/ cartella / nome 3/vm4.vmx
etc
----- ----- Output.txt

Il campione di awk non è intuitivo anche per me dopo la lettura e l'altra spiegazione va oltre il riferimento O'Rielly tasca. Il caso di ingresso o non ha bisogno di essere cambiato - se c'è un problema con corrispondenti caso poi ho altri problemi da affrontare.

Grazie per il vostro aiuto in anticipo.

Hi guys!

Sono nuovo di script di shell .. Volevo sapere abt sed comando e come funziona?

ecco cosa voglio fare, voglio ricerca stringa originale in export.txt file che è il seguente:
esportazione mibs \u003d \ opt \ mymibs \

Vorrei sostituirla con la
esportazione mibs \u003d \ opt \ new_mibs \

Si prega di aiutare con

grazie in anticipo