lehet ezt is megoldani awk és sed?

mskcc · #1 (**permalink**) 11-07-2005

Szia Hajóparancsnokoknak,

Kód:

___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #1. Best score 3010 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:3010   human:2754
YHR165C             	100.00%		PRP8_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #2. Best score 2100 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:2033   human:1978
YLR106C             	100.00%		MDN1_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #3. Best score 2082 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:997   human:593
YJL130C             	100.00%		PYR1_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #4. Best score 1959 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1959   human:1007
YKR054C             	100.00%		DYHC_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #5. Best score 1855 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1855   human:1022
YNR016C             	100.00%		Q6KE87_HUMAN        	100.00%
YMR207C             	19.86%		COA2_HUMAN          	90.52%
                    	       		COA1_HUMAN          	53.30%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #6. Best score 1838 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1748   human:1767
YDL140C             	100.00%		RPB1_HUMAN          	100.00%
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #7. Best score 1768 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - yeast:1768   human:1636
YJR066W             	100.00%		Q4LE76_HUMAN        	100.00%
YKL203C             	49.22%

Fenti nyilvántartásokat része a fájlt. Mit kell tennie, hogy ki az információt a fájlról, és tedd be a speadsheet formában, mint ez: (példák # 5 és # 7 pontot)

Group_number; Best_Score; S_one; P_one; S_two; P_two
5, 1855; YNR016C; 100,00%; Q6KE87_HUMAN; 100,00%
5, 1855; YMR207C; 19,86%; COA2_HUMAN; 90,52%
5, 1855;;; COA1_HUMAN; 53,30%
7, 1768; YJR066W; 100,00%; Q4LE76_HUMAN; 100,00%
7, 1768; YKL203C; 49%;

Thanks in advance!

Abhishek Ghose · #2 (**permalink**) 11-08-2005

Nézd meg a példa:
ha az utolsó sor az 5 jelenik meg az "5, 1855;;; COA1_HUMAN; 53,30%"
kellet volna az utolsó 7-megjelenik a "7, 1768;;; YKL203C, 49%" helyett "7, 1768; YKL203C; 49%;"?

mskcc · #3 (**permalink**) 11-08-2005

Nem az eredeti fájl,

üres üres rekord rekordot # 5
rekord rekord üres üres for # 7.

Amikor posted a nyilvántartásokat, az üres volt kihagyni. De meg kell kivont egy üres helyet. Köszönet újra.

Perderabo · #4 (**permalink**) 11-09-2005

Ez keményebb, mint amilyennek kinéz, mert meghatározott területeken egyaránt szintaxissal és helyzetét. Itt van egy ksh script, hogy együttműködik a minta adatokat. De az az igazi meglepetés az adatok eltörnie.

Kód:

#! /usr/bin/ksh

IFS=""
while read line ; do
    line=${line##+(_)}
    ((${#line})) ||  continue
    if [[ "$line" != "Group of orthologs"* ]] ; then
        echo error looking for start of record 1>&2
        echo $line  1>&2
        exit 1
    fi
    line=${line#"Group of orthologs #"}
    Group_number=${line%%\.*}
    line=${line#*"Best score "}
    Best_Score=${line%" "*}
    read line
    if [[ $line != "Score difference with "* ]] ; then
        echo "error stepping over 2nd line of group $Group_number" 1>&2
        echo $line  1>&2
        exit 1
    fi
    ProteinLines=1
    while ((ProteinLines)) ; do
        if read line ; then
            line=${line##+(_)}
            if ((!${#line})) ; then
                ProteinLines=0
            else
                eval set $line
                firstchar="${line%${line#?}}"
                if [[ $# -eq 4 ]] ; then
                    S_one=$1
                    P_one=$2
                    S_two=$3
                    P_two=$4
                else
                    if [[ $firstchar = [a-zA-Z0-9] ]] ; then
                        S_one=$1
                        P_one=$2
                        S_two=""
                        P_two=""
                    else
                        S_one=""
                        P_one=""
                        S_two=$1
                        P_two=$2
                    fi
                fi
                echo "${Group_number};${Best_Score};${S_one};${P_one};${S_two};${P_two};"
            fi
        else
            ProteinLines=0
        fi
    done
done
exit 0

Kód:

$
$ ./pro < data
1;3010;YHR165C;100.00%;PRP8_HUMAN;100.00%;
2;2100;YLR106C;100.00%;MDN1_HUMAN;100.00%;
3;2082;YJL130C;100.00%;PYR1_HUMAN;100.00%;
4;1959;YKR054C;100.00%;DYHC_HUMAN;100.00%;
5;1855;YNR016C;100.00%;Q6KE87_HUMAN;100.00%;
5;1855;YMR207C;19.86%;COA2_HUMAN;90.52%;
5;1855;;;COA1_HUMAN;53.30%;
6;1838;YDL140C;100.00%;RPB1_HUMAN;100.00%;
7;1768;YJR066W;100.00%;Q4LE76_HUMAN;100.00%;
7;1768;YKL203C;49.22%;;;
$

Abhishek Ghose · #5 (**permalink**) 11-09-2005

Heres a CommandLine PERL:

$ perl -ne "CHOP; megosztani;
> If ($ _ [0] eq "csoport")
> ($ Group \u003d substr ($ _ [3], 1, length ($ _ [3]) -2); $ score \u003d $ _ [6];)
> Else (
> If ($ _! ~ / ^ \ S *$/&&$_[ 0] ne "Score")
> (If (@_\u003d\u003d 2) (push (@_,"","");}
> Ha (@_\u003d\u003d 3) (törlés (@_,"");}
> $ String \u003d join (";",@_);
> Print ( "\ n $ group $ pontszám, $ string ");}}' FILE_NAME

Nagyboldogasszony (ok):
Saját adatok csak 4 elem a legnagyobb.
Ez azt jelenti, hogy
rekord / rekord üres / üres rekord / rekord üres / üresen
Ha tudsz mondani nekem, hogy ezek a tabulátorral tagolt, tudok segíteni a robusztusabb kódot.

Abhishek Ghose · #6 (**permalink**) 11-09-2005

És ahogy Perderabo azt mondja, minden igazi meglepetés az adatok break it!
(Megjegyzendő, hogy Perderabos "kódot generál, utána félig kettõspontot amely valószínűleg akkor nem kell)

Több, UNIX és Linux fórum témák Ön által talált Hasznos
Szál	Thread Starter	Fórum	Válaszok	Utolsó hozzászólás
Domain nem oldódott meg a parancsfájl	Sergiu-IT	IP Networking	6	04-11-2008 06:52 AM
Kudda sikeresen oldotta meg a problémát letöltése számos video web	angelstar	UNIX és Linux alkalmazásokhoz	0	04-10-2008 06:41 AM
XDMCP, dns meghaladja műsorközvetítésre oldani, de	kymberm	IP Networking	3	02-25-2003 10:47 PM

Téma eszközök	Keresés a téma
Show Nyomtatható verzió Küldés e-mailben	Keresés a téma: Részletes keresés
Megjelenítési módok	Rate this thread
Váltás Linear Mode Hibrid üzemmód Switch to Threaded Mode	Rate this thread:


	Powered by