He escrito un código y utilizando AWK sed para comparar dos archivos.
La estructura de los archivos es como este "

El formato es el siguiente:
<bit code> <fichero code> <cadena>
Follwoed por cualquier número de propiedades de las líneas que comienzan con un "espacio"

10101010101111101 XX abcd un
COMO sasa
BS kkk
1110000101010110 XX Abde s
BS ACC
0110000101010100 XX ACDE sa
1010000101010110 XX adfe ma
COMO ASAS
BS sasa
CS asa

.............................................
.....................................

Que contienen millones de registros de este tipo
Nota
1. Un nuevo disco donde se inicia una nueva línea comienza con 1 / 0
2. Anyline empezando por el espacio es propiedades asociadas con el último
1 / 0 récord
3. El número de registros de archivo se muestra en la anterior es de 4

Estoy teniendo una cadena a la vez (uno abcd) y empezar a buscar en otro archivo, en la cadena de la columna 2 de archivo, hasta el encuentro que. Si la cadena se encuentra a continuación, se compara bits de código, código de archivo y las propiedades de la cadena.
(Aunque ambos archivos se ordenan sin embargo algunos registros en cualquiera de archivo pueden faltar así que no puedo hacer comparación línea por línea)

El comportamiento del programa es correcto, pero es teniendo una gran cantidad de tiempo que se busca a través de un archivo grande.
Así que por favor me ayude a la hora de plantear la manera de mejorar esta comparación de archivos

Gracias
Sandeep

Trate de hacer esto en lugar de perlas, la velocidad aumentará muy Mutch.