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Shell Programmierung und Scripting Post Fragen zu ksh, csh, sh, bash, Perl, PHP, sed, awk und anderen Shell-Skripte und Shell-Scripting-Sprachen hier.

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  #1 (permalink)  
Old 06-06-2008
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csh nicht, um an 2 eingebettet csh-Skript

Ich habe ein Problem mit einem außergewöhnlichen csh Skript .....( gerne berate die Nutzung dieser, aber ich bin der Veränderung einer bereits bestehenden Gruppe von ihnen)

Wie dem auch sei, ich habe eine Master-csh-Skript, welches wiederum fordert eine zweite csh-Skript. Diese zweite csh Skript unten. Innerhalb dieser zweiten Skript gibt zwei kompilierte C + +-Programme, die aufgerufen werden, um zwei verschiedene Aufgaben.


Code:
#!/bin/csh

# This script is set up to execute in the directory it is called from 
# (ie. The ${PAT_ID} variable is actually = DIAP_xCM_LES_yyMM/wi/ANG) 

if ( ${#argv} == 0 ) then
   echo " Please input gantry angle (format = 000) "
   exit 1
endif


set ANG=${1}

foreach t ( 0 2 4 6 8 ) # so t1 will be set to values of 1,2,3,4,5
 
  set t1=`echo " scale=0; ( $t + 2 ) / 2" | bc -l`                         
  echo " Mapping dose cube ${t1}... " 

  # Perform the defomation of the dose cubes for each phase using the NCAT deformation vectors and function NCAT_2_MCdose
  /scratch5/jseco/bin/NCAT_2_MCdose /scratch5/jseco/DPM/NCAT/DEFORMATION_VECTORS/ncat_diap_1cm_ph${t1}to1_vec.dat ${ANG}_ph${t1}_w1_H2O.3ddose 256 256 256 1 0
  mv dose_out.3ddose ${ANG}_ph${t1}to1_mapped.3ddose
  rm ${ANG}_ph${t1}_w1_H2O.3ddose
  
end

# add the mapped dose cubes together to get a total dose cube for this beam
echo " Adding mapped dose cubes for angle ${ANG}... "
/scratch5/jseco/..../add_dose_joao_weighted ${ANG}_total_mapped.3ddose ${ANG}_ph?to1_mapped.3ddose 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 

# get rid of mapped dose cubes so only dose cube left for this run is the total for this beam and move it into the run directory to sum
#rm ${ANG}_ph*to1_mapped.3ddose



Das Problem ist, dass nur ein Teil des Scripts ausgeführt wird. Die "foreach"-Schleife ist ohne fehl und tut genau, was es soll auch - fordert die NCAT_2_MCdose C + +-Funktion (die ist ein Bild Verformung Art Programm). Das sagt mir, dass die Muttergesellschaft Skript ruft die zweite Skript korrekt. Allerdings, wenn er versucht, die nächste Zeile der

/ scratch5/jseco/...../add_dose_joao_weighted $ () ANG _total_mapped.3ddose ....

es nicht. Diese Funktion hat, die Ausführung und Genehmigung der Pfad korrekt ist. Nun zu den wirklich seltsame Teil. Als ich das zweite Script mit diesen beiden C + +-Funktionen in der es von der Kommandozeile aus führt er perfekt. Jedoch die Ausführung von der Muttergesellschaft (erste Skript) führt nur die foreach Schleife und das zweite Programm ist nicht einmal genannt (Ich kann nicht einmal jeder stout oder Sterr Ausgabe geschrieben werden, mit dem 1> und 2> Umleitung Optionen.

Gibt es irgendwelche Vorschläge zur Lösung dieses? Ich habe 2 gerade dieser Tage, an und haben endlich zugegeben, dass ich nicht genug wissen und schätzen eine neue Perspektive zu diesem Thema.

Edit: Ich möchte hinzufügen, diese zweite Funktion wird 5 Dateien (mit Namenskonvention $ () ANG _ph1to1_mapped.3ddose) und fügt sie zusammen, die jeweils mit einer Gewichtung von 0,2 mit dem Ergebnis, dass die Produktion in $ () ANG _total_mapped.3ddose. Auch dieser Befehl funktioniert problemlos, wenn sie einzeln auf der Kommandozeile, oder indem Sie dieses Skript unabhängig von der Muttergesellschaft Programm.

Zuletzt bearbeitet von pollsizer; am 06.06.2008 11:37 PM..
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  #2 (permalink)  
Old 06-07-2008
Registrierte Nutzer
 

Join Date: Jun 2008
Beiträge: 2
Update:

So stellt sich heraus, dass die ausführbare Datei, die nicht ist ein symbolischer Link auf die eigentliche ausführbare Datei befindet sich auf einer anderen Festplatte auf unserem Cluster. Diese symbolischen Link und der echte exe noch volle Lese-, Schreib-und exec Berechtigungen, damit ich bin mir nicht sicher, warum dies nicht funktioniert hat.

Allerdings, das Ende der Geschichte - Kopieren der exe auf die Festplatte, die ich rief sie aus behebt das Problem.
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